В этом случае принять к вычету "входной" налог не получится. Его нужно учесть в стоимости товара. В новых письмах Минфин поддержал позицию Верховного суда РФ. ФНС также согласна с этой точкой зрения.
Поясним ситуацию на примере. Организация ведет деятельность как облагаемую, так и не облагаемую НДС. При этом доля расходов на товары, которые используются в необлагаемых операциях, не выше пяти процентов общей суммы расходов на все приобретенные, произведенные или реализованные товары. Однако у юрлица есть товар, который нужен только для необлагаемой деятельности. Вот по этому товару принять "входной" НДС к вычету нельзя, даже несмотря на то, что в целом по организации правило пяти процентов соблюдено.
Документы: Письмо Минфина России от 05.10.2017 N 03-07-11/65098.
Письмо Минфина России от 02.10.2017 N 03-07-11/63926.
Источник: КонсультантПлюс